分，最后获得干燥的菌体样品。它同时具备干燥、低温和缺氧的菌种保藏条件。所以，可使微生物菌种得到较长时间的保存，冻干的菌种密封在较小的安瓿中，避免了保藏期间的污染。也便于大量保藏。它是目前被广泛推崇的菌种保藏方法。但是，该法操作相对繁琐，技术要求较高。

　　根据文献记载，除不生孢子只产菌丝体的丝状真菌不宜用此法外.其他多数微生物，如病毒、细菌、放线菌、酵母菌、丝状真菌等都能冻干保藏。许多菌种用此法可保藏10年以上。

　　真空冷冻干燥装置有各种形式，报据需要的工作最可选用单管式、歧管式、钟罩式、离心式、舱箱式等类型的真空干燥机。排列越是后面的类型，处理的量越大，设备也越复杂。

　　冻干法保藏菌种的存活率受到多方面的形响，不同的生物承受冻于处理过程的能力不间，所以，有些菌种不适合用冻干法保藏。冻干前的培养条件和菌龄也是影响因素。适宜条件下培养至稳定期的细胞和成熟的孢子具有较强的耐受冻干的能力。提倡采用较浓的菌悬液。虽然其存活率低，但绝对量比较高。保护挤对存活的影响很大，保护效果与保护剂化学结构有密切关系。有效的保护刘应对细饱和水有很强的亲和力，脱脂牛奶作为保护剂对多种微生物均有满意的结果，冻结速度慢会损坏细胞，而冻结速度过快(几秒钟内完成冻结)也会在细胞内形成冰晶，损害细胞膜，影响存活。冻干管应避光保藏，尤其是避免直射光。适宜的恢复培养条件可以提高存活率。