冷冻干燥机利用冷冻干燥技术，即是将含水物质，先冻结成固态，而后使其中的水分从固态升华成气态，以除去水分而保存物质的方法。

具体在使用时，首先要对冷冻干燥机各部件进行彻底的清洁，以便保持设备的良好状态，以及卫生条件

在进行设备清洁操作时，注意不同的部件要使用不同的清洁液进行清洁，一般不锈钢的部件使用乙醇进行清洗，有机玻璃使用生理盐水进行清洗，安瓿瓶用超声波清洗机进行清洗

其次，在正式开始使用前，必须要先进行预冻，以便达到良好的脱水效果

具体的预冻操作，需要准备低温冰箱，将温度设置到零下40摄氏度，或者是零下80摄氏度后，把准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，一般需要四个小时左右，可以直接从外面进行观察到，物品完全冰冻结实后，才可进行冷冻干燥的实验，把物品迅速移动到冷冻干燥机托盘之内，以保证冷冻干燥效果

最后需要注意的是，在冷冻干燥机在正式使用前必须检查真空泵以及原位型冷冻干燥机玻璃罩的气密性，以及冷冻干燥机主机与真空泵之间由绿色的真空管连接处的密封性（可以涂抹适量真空脂）